Sejtmentes, teljes szövegű molekuláris és funkcionális jellemzés a szomatikus PIWIL1piRNS útvonalon
A csíra-specifikus PIWIL1 gén ektopikusan aktiválódik vastagbélrákban. (A) A rákgenom-atlasz (TCGA) és a genotípus-szöveti expresszió GTEx adatainak integratív elemzése azt mutatta, hogy a csíravonalban bőségesen expresszált PIWIL1 (TCGC, normál) rendellenesen aktiválódik a rákban, és jelentősen felülszabályozott (szürke színnel kiemelve) vastagbél (COAD), végbél (READ) és pajzsmirigyrák (THCA) a normál szövethez viszonyítva (log2 (medián (Tumor) - medián (Normal))> 0,5; p érték B) A PIWIL1 expresszióját a különböző A TCC vastagbél adenokarcinómák AJCC (American Joint Committee on Cancer) szakaszai. (C) a CpG-k DNS-metilációs profilja a PIWIL1 promoter régiójában vastagbél normál szövetekben (kék színnel) és adenokarcinómákban (piros színnel); A kék színnel kiemelt CpG-helyek egy CpG-szigetet alkotnak, és a vastagbél normál szöveteiben erősen metilálódnak, míg több daganatnál alacsonyabb metilációs szint figyelhető meg. (D) Statisztikailag szignifikáns negatív korreláció a PIWIL1 expresszió és a DNS metilációja között a tumorokban hipometilezett CpG helyeken; a béta értékeket az x-tengelyen ábrázoljuk, az RSEM (RNA-Seq várakozás-maximalizálás) génexpressziós értékeket az y-tengelyen.
A PIWIL1 szubcelluláris eloszlásának jellemzése. (A) A COLO 205 sejtekben három példányban végzett sejtfrakcionálás során kiderült a PIWIL1 jelenléte mind a citoplazmatikus, mind a nukleáris rekeszben; összehasonlításképpen a COLO 205 és a HCT 116 (negatív kontroll) összes fehérje-lizátumát ugyanazon a gélen futtattuk; β-aktint (ACTB) használtunk terhelés kontrollként, míg β-tubulint (TUBB) alkalmaztunk a citoszolos és a magfrakciók közötti keresztszennyeződés hiányának igazolására. (B) A PIWIL1 fehérje (zöld) elhelyezkedése a COLO 205 sejtekben immunocitokémiai analízissel kimutatta mindkét kamrában, a magban és a citoszolban való jelenlétét, különösen fényes festéssel a mag közelében elhelyezkedő diszkrét régióban (kék, DAPI festés). (C) A citoszol/perinukleus/mag frakcionálás megmutatta a PIWIL1 jelenlétét a COLO 205 sejtek perinukleáris régiójában; ugyanabban a frakcióban DDX6 fehérjét, az emberi csíra vonalak árnyékrészének markerét detektálták; A TUBB-t alkalmaztuk a perinukleáris és magfrakciók, valamint a β-lamin (LAM) citoplazmatikus szennyeződésének hiányának ellenőrzésére a perinukleáris és a mag extrakciójának kontrolljaként. Összehasonlításképpen: a COLO 205-ből származó teljes fehérje-lizátumot ugyanarra a gélre töltöttük.
Absztrakt
A csíra-specifikus PIWIL1 gén ektopikusan aktiválódik vastagbélrákban. (A) A rákgenom-atlasz (TCGA) és a genotípus-szöveti expresszió GTEx adatainak integratív elemzése azt mutatta, hogy a csíravonalban bőségesen expresszált PIWIL1 (TCGC, normál) aberránsan aktiválódik a rákban, és jelentősen felülszabályozott (szürke színnel kiemelve) vastagbél (COAD), végbél (READ) és pajzsmirigyrák (THCA) a normál szövethez viszonyítva (log2 (medián (Tumor) - medián (Normal))> 0,5; p érték B) A PIWIL1 expresszióját a különböző A TCC vastagbél adenokarcinómák AJCC (American Joint Committee on Cancer) szakaszai. (C) a CpG-k DNS-metilációs profilja a PIWIL1 promóter régiójában vastagbél normál szövetekben (kék színnel) és adenokarcinómákban (piros színnel); A kék színnel kiemelt CpG-helyek egy CpG-szigetet alkotnak, és a vastagbél normál szöveteiben erősen metilálódnak, míg több daganatnál alacsonyabb metilációs szint figyelhető meg. (D) Statisztikailag szignifikáns negatív korreláció a PIWIL1 expresszió és a DNS metilációja között a tumorokban hipometilezett CpG helyeken; a béta értékeket az x-tengelyen ábrázoljuk, az RSEM (RNA-Seq várakozás-maximalizálás) génexpressziós értékeket az y-tengelyen.
A PIWIL1 szubcelluláris eloszlásának jellemzése. (A) A COLO 205 sejtekben három példányban végzett sejtfrakcionálás során kiderült a PIWIL1 jelenléte mind a citoplazmatikus, mind a nukleáris rekeszben; összehasonlításképpen a COLO 205 és a HCT 116 (negatív kontroll) összes fehérje-lizátumát ugyanazon a gélen futtattuk; β-aktint (ACTB) használtunk terhelés kontrollként, míg β-tubulint (TUBB) alkalmaztunk a citoszolos és a magfrakciók közötti keresztszennyeződés hiányának igazolására. (B) A PIWIL1 fehérje (zöld) elhelyezkedése a COLO 205 sejtekben immunocitokémiai analízissel kimutatta mindkét kamrában, a magban és a citoszolban való jelenlétét, különösen fényes festéssel a mag közvetlen közelében elhelyezkedő diszkrét régióban (kék, DAPI festés). (C) A citoszol/perinukleus/mag frakcionálás megmutatta a PIWIL1 jelenlétét a COLO 205 sejtek perinukleáris régiójában; ugyanabban a frakcióban DDX6 fehérjét, az emberi csíra vonalak árnyékrészének markerét detektálták; A TUBB-t alkalmaztuk a perinukleáris és magfrakciók, valamint a β-lamin (LAM) citoplazmatikus szennyeződésének hiányának ellenőrzésére a perinukleáris és a nukleáris extrakció kontrolljaként. Összehasonlításképpen: a COLO 205-ből származó teljes fehérje-lizátumot ugyanarra a gélre töltöttük.